继前作假面骑士空我结束之后两年的世界，平成系假面骑士第二作。虽然未确认

生 命体的威胁已经消失，和平的日子却无法长久维持下去，世界各地再度出现人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手似乎是拥有人类所无法匹敌的能力神秘种族， 警方称之为Unknown(超越生命体）。与之前未确认生命体视屠杀人类为游戏的行径不同，Unknown都选择超能力者作为下手对象，一头雾水的警方完 全不知道该如何应付。 　　另一方面主角津上翔一是一个失去记忆的开朗少年，在海上漂流的时候被美杉教授给捡了回来，与美 杉教授的儿子正太和侄女真鱼一起生活。但隐藏在翔一可爱天真笑容背后的，其实是神秘的变身英雄－AGITO。每当Unknown现身残杀人类时，他便会自 动感应变身成为具有超人般力量的谜之战士。 　　然后随着神秘黑衣青年的进化，Unknown杀人的频率越来越密集，AGITO好像感应到了自 己未知的命运般一步步进化。就像播下来的种子总有一天会发芽般，由人类所化身成的AGITO们如雨后春笋般出现了，心急于抹杀AGITO的神秘黑衣青年一 面痛苦着，一面更积极的进行杀害特定人类的计划。不甘心生存的希望与未来就这样被剥夺的翔一变身成更强悍的型态，成功的伤害了黑衣青年。 　　没想要遭到AGITO们猛烈抵抗的黑衣青年终于被惹恼，决定消灭掉已经不再敬爱‘他’的孩子们，想将这世界重新创造一次… 　　要相信人类到什么程度呢？人类，到底有多少可能性？

（AGITΩ）的含义

和「クウガ」写作「空我」一样。「アギト」(AGITO)应写作「颚门」2字。根据《东映》的一篇回复，该旨说明了AGITO的命名，其实是采用了日本 古语的「颚门」和拉丁文「AGITO」的双重涵意﹙拉丁文的意思有「觉醒」之意，使静止之物再动﹚。不同于「空我」的是「颚门」并没有出现在正式的标题 中，所以从官方角度还不能算正式汉字名。同时在日文古语中正是其造型来源「アギトアリ」（日本冲绳地区的蚂蚁）。 　　注：标题上英文的AGITO的O特别以罗马符号的Ω来作为表示，其意便是要符合当初设定的副标： 　　ALPHA AND OMEGA， 　　THE BEGINNING AND THE END， 　　THE FIRST AND THE LAST 　　从A（ALPHA）到Ω（OMEGA）。AGITO象征的就是从始到终的传承者。而有趣的是，上面的那段是旧约圣经中天主对自己的称呼，给予了本作相对的宗教意味。 　　而AGITO最初的三种型态，便是以「超越肉体」的大地型态『Ground Form』(グランドフォーム)﹑「超越精神」的暴风型态『Storm Form』(ストームフォーム)﹑「超越感觉」的烈炎型态『Flame Form』(フレームフォーム)。这三种型态象征着一分为三（简单的说法：人可分为肉体﹑精神﹑灵魂三方面），而新的三位一体型态『Trinity Form』(トリニティフォーム)却又代表着三者为一的概念（简单的说法：肉体﹑精神﹑灵魂三者却是为人所共有，三者不可分）。新的燃烧型态 『Burning Form』(バーニングフォーム）以及最终的闪耀型态『Shining Form』(シャイニングフォーム），这两种型态就比较像是龙而非蚁。