战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为 首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパ は，欺骗猴子飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之开了东京湾有了的封印的门。注视了祖先世世代代封印的门的血统的少女鹤姫决定与去除了封印的佐助与才 藏，三好晴海入道的子孙晴海，并且从美国来的自来也的子孙自来也的4人一起，同400年前的祖先同样进行妖怪封印。一边经营绉纱衬衣铺，一边持续妖怪封印的旅行.

战队成员

由忍者第24代传人鹤姬带领的四位后裔忍者子弟兵，在神秘忍者大师百地 三太夫的引荐之下，他们的任务就是藏匿在人群中，用猫丸号来贩卖松饼当快餐车，然后在各个地方，阻止封印之门释放后的妖怪军团大闹人间，危害百姓的和平，并且彻底消灭他们，为民除害。 　　共同忍具\忍刀隐丸Kakuremaru、隐雷射枪Kakulaser、忍者腕套Shinobi Knuckle、五形手里剑Five Shurikens 　　共同变身器\忍法变身令牌变身指令：超级变形‧变身令牌 　　Ninja Red红忍者Sasuke佐助——小川辉晃 　　日本战国时代，著名忍者流派【隐流】之一的末将，擅长忍术为分身术的猿飞佐助，则是佐助的前 辈，此人有着冷静沉着的观察力，以及他满腔热血的正义感，但缺点是脾气有点倔强，耍孤僻，冲动的个性差点拆散隐连者的友情，在第一集的时候，他与才藏正因 为缺钱，却掉进了假扮平民老伯伯的河童及妖怪忍者多罗多罗的金钱诱惑中，误触了封印大门的开关，解除了先代忍者的封印后，妖怪力量大增，部分的妖怪军团也 全被释放出来，准备大闹一场，这时，百地三太夫只好用忍术带他们两个到忍者的殿堂－风云幻城，底下有五把历代忍者的忍刀，在鹤姬的协助之下，佐助与才藏将 忍刀拔出，顺利成为隐连者。 　　Ninja White白忍者Tsuruhime鹤姬——广濑仁美 　　忍者流派【隐流】之一的首领，也是隐连者的队长，一位甜美可爱的女忍者，鹤姬祖先曾交代过鹤 姬，一定要让他们四位后裔学会忍术，成为斩妖除魔的隐连者，身为隐流的首领，她的家世背景都跟忍者有莫大的关联，百地三太夫用忍术将被妖怪的贪钱诱惑，引 诱佐助与才藏成功将封印大门打开，鹤姬也从风云幻城中苏醒，并教他们两个将忍刀拔出，接受前辈的忍者力量后，成为隐连者与妖怪的战斗，正一触即发，她擅长 的忍术是折纸忍术。在海贼战队豪快者中45集中把这件事情让忍者人来找豪快者。 　　Ninja Blue蓝忍者Saizou才藏——土田大 　　忍者流派【隐流】之一的末将，四大忍者祖先之一～雾隐才藏的后裔，他擅长的是可在水中快速移动 的水遁忍术，此人心地善良，待人很亲切，但是他无论财富或运势方面都不太好，老是碰到很多倒楣的事情，在鹤姬的协助之下，前辈给予佐助与才藏两人继承忍者 的力量，希望能借由隐连者的训练之下，也能改变他不好的运气，重新找回他原有的自信。 　　Ninja Yellow黄忍者SeiKai清——河合秀 　　忍者流派【隐流】之一的末将，四大忍者祖先之一～三好清海入道的后裔，他擅长的忍术是攀绳之 术，能藉用钩绳抓稳指定墙壁向上攀升，或者可在空中抛绳来做攻击，他在与朋友打电玩时，被长颈妖与河童捉弄，逃之夭夭，被三名隐连者救走后，也接受前辈的 忍者力量，成为黄忍者，此人非常诚恳，个性很古怪，看到美女或美食时最没有抵抗力，就连鹤姬也要成为他追求的对象。 　　Ninja Black黑忍者Jiraiya自来也——小杉健 　　忍者流派【隐流】之一的末将，四大忍者祖先之一～自来也的后裔，他擅长的忍术是土遁之术，能一 口气迅速钻入地面，再从土堆中跳出来攻击敌人，此人长期住在美国，所以他讲的话都会以英文开头，让其余四位日本人都听得雾煞煞，刚开始认识隐连者四人，以 身穿西部牛仔的样子来到日本，为的就是希望加入隐连者的行列，因此才会假装帮助妖怪，向隐连者开战，磨练他们的忍术。 　　忍者人Ninjaman——CV矢尾一树 　　忍者流派【隐流】中的最强忍者，一身深蓝色的忍者铠甲，充满正义感的热血精神，被封印于古瓮中 的他，被隐连者救出后，他恢复自由，成为隐连者的新帮手，而且他喜欢人类，只要妖怪敢威胁人类，他必定挺身而出，转换热血的力量，使出最大变化的武士人， 来彻底消灭他们。他也是超级战队史上首个非人类常规战士（日本称为“番外英雄”）。在海贼战队豪快者45集被豪快者们从封印中救出，46集中忍者人将忍者 战队的巨大力量给。

援助人

百地 三太夫 　　他是隐连者的启蒙老师，也是鹤姬的师父，佐助等四个忍者后裔也能成为隐连者，全拜他所赐，虽然他幽默风趣，但是他战事周详，也把忍者的精随，最强的精神象征～三神将的意念传给他们，但也最终却命丧在妖怪贵公子朱尼亚身上。 　　历代隐连者的祖先 　　他们是佐助等人的前辈，在400年前与危害人间的妖怪展开战斗，结果前辈将妖怪大头目给引诱到封印之门，连同自己也身陷封印之门中，400年后，当鹤姬他们拔出祖先继承的忍刀时，祖先的灵魂也随至现身，将令牌交给他们，也就是现在的忍者战队隐连者。 　　鹤姬家族的双胞胎护卫\太郎、次郎 　　归属于鹤姬家族的双胞胎护卫，鹤姬小时候也一同成长，感情像兄妹。鹤姬的双亲被妖怪杀死后，为 了报双亲之仇，特地与义辉大人联手对抗妖怪，但是遇上大魔王，因中了陷阱而被施法变成两只狼犬，义辉大人打不过大魔王的强大法力后假意背叛人类，化身白面 郎协助大魔王打倒隐连者。兄弟俩变成狼犬后曾多次被布恩带着帮隐连者脱离险境，亦曾先后两次因为佐助及鹤姬情况危急变回人类出手。最后变回人类出手助鹤姬 战白面郎时堕崖重伤身亡，之后用最后一分力让白面郎回复人性。 　　小妖怪\布恩 　　一个被义辉大人收养的小男孩，其实他是妖怪世界中唯一的善良妖怪，被妖怪军团欺负的他，被三太夫所救，并认其做弟子。故事后期多次在隐连者危急时带同太郎、次郎出手帮忙。 　　超忍卷轴守护精灵\丽花 　　她是在超忍卷轴中化身成少女的蝴蝶精灵，她遵照超忍卷轴的指示，找到了隐连者五人中的佐助，原 本只是要急忙找出超忍卷轴的佐助，被她的精神与对守护所有生命的热爱感动了他，虽不幸被妖怪所杀，但佐助对着丽花发誓，他一定会继承她的精神与勇气，拿到 超忍卷轴，化身神猿王，来斩断妖怪的恶行，遵循丽花的热爱继续奋斗下去。

三神将\三大忍者机器人

继承‘心’、‘技’、‘体’三者合一的三大忍者巨神，并供奉在忍者殿堂--风云幻城前，在隐连者逐一成军后，三大神将逐一与巨大的妖怪军团展开战斗，NINJAMAN是他们认可的徒弟。 　　无敌将军 　　无敌将军是三神将中的其中之一，由隐连者变化的最大忍术五兽将：红猿王、白仙鹤、蓝狼王、黄熊 王、黑蟾王，组合而成的【忍者合体 无敌将军】，原本是仿造日本古代将军城的‘风云幻城’，在鹤姬等人成为隐连者后，便让五人化身为忍者兽将，再紧要关头，合体成无敌将军来制裁妖怪，当斩除 妖怪后，会单手膜拜并念出【南无三】，必杀武器是火焰将军剑，得意技是将军花吹雪，无敌将军是三神将的‘体’之继承者。 　　超级无敌将军 　　借由‘心’之继承者，圣忍兽翼丸的超强合体而成的，可使出最强必杀武器【无敌火神炮】，来给妖怪迎头痛击。 　　隐大将军 　　隐大将军也是三神将的其中之一，在隐连者得到了五卷超忍卷轴后，分别召唤的超忍兽：红猿、白 鹤、蓝狼、黄熊以及黑蟾蜍等，再以合体忍法【五神合体 隐大将军】来对抗更强劲的妖怪，隐大将军最强必杀技是运用双手来发挥最强拳法‘铁拳 神终结’来消灭妖怪，隐大将军是三神将的‘技’之继承者。 　　超级隐大将军 　　也是由‘心’之继承者，圣忍兽翼丸的翼合体而成的，可使出最强必杀空中武器【铁拳 飞空终结拳】，彻底击败妖怪。 　　圣忍兽 翼丸Tsubasamaru 　　三神将的【心】之继承者，在隐连者、无敌将军、隐大将军危急的时候，它将以白色的圣鸟从空中现身，它的翅膀可折叠成【火神炮】来攻击妖怪，并与无敌将军、隐大将军各自合体成‘超忍者合体 超级无敌将军’及‘翼合体 超级隐大将军’。

妖怪军团

四百年前由隐连者的祖先，打倒妖怪大头目，他们使用最高忍法来将邪恶军团封印住，经过四百年后，有两人无意间被妖怪诱骗成功而将封印之门打开，里面的所 有妖怪都相继解除封印，准备向人类复仇，展开一场妖怪与人类的战争，他们每集就登场一只或两只日本妖怪百科等著名小说出场的妖怪。 　　妖怪贵公子\朱尼亚(CV:远藤宪一) 　　他是一位霸气豪爽，但性格残忍的贵公子，也是大魔王的儿子，妖怪的真面目是骷髅王，他发动许多强大妖怪， 侵略人间，并打倒宿敌隐连者，连百地三太夫也死在他的手上，可见他的邪恶之心仍然横行霸道，目的就是要让 他父亲大魔王复活，君临这人间世界成为妖怪世界。 　　妖怪大魔王(CV:柴田秀胜) 　　他是本战队的最后一个反派，妖怪界的支配者，在朱尼亚与妖怪们的协助之下，运用十几个用小孩做成的石头， 召集黑暗力量让封印之门打开，大魔王也就解除封印，开始大闹人间，势必要统治人间界，消灭人类，将地球成 为妖怪的理想国家。 　　白面郎 　　其真正身分是鹤姬的父亲．义辉，让鹤姬他们十分错愕。 十年前，义辉带着两名忍者兄弟太郎、次郎去消灭大魔王，却不敌大魔王的魔力战败，太郎、次郎被变成两只狼犬，而义辉为了要寻找大魔王的弱点，假装投靠大魔 王，化身白面郎成为隐连者的敌人，在妖怪界成为朱尼亚跟大魔王所属的参谋将军角色。 多次暗中出手帮助隐连者，找到大魔王弱点后，被发现背叛之心，将相关资料记入金色鸟型饰物后送到太郎跟次郎处，自己则被押回魔王基地后变成石像，被抽走灵 魂与隐连者正面开战，后因太郎次郎临死前的力量回复人性，成为我方的战友，协助隐连者他们。 　　歪博士 　　他是妖怪界的发明家，屡次发明很多对抗隐连者的重装备、道具与武器，但最后还是被隐连者攻破而失败 他是归属于朱尼亚的属下，他每次实验失败，朱尼亚就非常愤怒地去找他兴师问罪，而且他的每次发明有 的时候会让人花样百出。 　　花之女忍组 　　由妖怪贵公子朱尼亚的邪恶魔法，将五只母猫化身为大魔王效命的邪恶女忍者部队，分别为樱、兰、菖蒲、睡莲、菊等，以知名的五种花朵而取名的，为消灭隐连者而成军的。她们也是超级战队史上首个邪恶战队。 　　妖怪大头目 　　在战国时代中闻风丧胆，曾与隐连者的祖先激战，之后再把它强迫于山下的一间封印之门内，最后才同归于尽。